$NetBSD: patch-samtools-0.1.18_Makefile,v 1.1 2023/08/12 14:58:35 bacon Exp $

# Respect CC, CFLAGS

--- samtools-0.1.18/Makefile.orig	2018-03-06 16:29:49 UTC
+++ samtools-0.1.18/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
-CC=			gcc
-CFLAGS=		-g -Wall -fsigned-char -O2 #-m64 #-arch ppc
+CC?=			gcc
+CFLAGS?=		-g -Wall -fsigned-char -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=0 #-D_USE_KNETFILE 
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\